5 Agosto 1887  bumalik ng Maynila matapos ang limang taon ng pag-aaral at makabayang gawain sa Europa. 

     18 Agosto 1887 sa isang liham, inutusan ni Arsobispo P. Payo si Fr. Gregorio Echevarria, Rector ng Unibersidad ng Sto. Thomas, na ang impormasyon tungkol sa nobelang Noli Me Tangere ay ilabas ng isang Komisyon na binubuo ng mga propesor ng Unibersidad. Matias Gomez, Fr. Norberto del Prado at Fr. Evaristo Fernandez Arias. 

     30 Agosto 1887 umalis siya ng Calamba patungong Maynila upang makipagkita sa Gobernador-Heneral tungkol sa isyu ng Noli Me Tangere na nagdulot ng pagdurusa sa mga prayle sa Pilipinas. 

     Humiling ng kopya si Gobernador-Heneral Terrero at si Rizal, matapos ang ilang araw na paghahanap ng kopya, ay ibinigay sa kanya ang isang luma at sira-sirang kopya. Sa parehong petsa, ang Calustro Universitario na binuo ng Rektor ng Santo Tomas sa utos ng Arsobispo ng Maynila, ay naglabas ng kautusan na ipinagbabawal ang pagmamay-ari at pagbabasa ng Noli Me Tangere. 


     Setyembre 1887 nagpasya si Rizal na huwag iwanan ang kanyang pamilya sa taong ito. Ang kapatid niyang si Olimpia ay namatay dahil sa pagdurugo habang nanganganak.

     19 Oktubre 1887 gumuhit si Rizal ng isang lapis na larawan ng isang bangka na naglalayag sa Bay ng Laguna, na nakita niya kasama si Jose Taviel de Andrade, Teniente ng mga Gwardiya Sibil na itinalaga ng Gobernador-Heneral Terrero upang protektahan siya, sa isang paglalakbay sa Los Baños. Ang guhit na ito ay ipinadala kay Blumentritt. 

     29 Disyembre 1887 ang Permanenteng Lupon ng Pagsusuri na pinamumunuan ni Fr. Salvador Font ay naglabas ng isang hatol na ganap na nagbabawal sa pagkalat ng Noli Me Tangere sa Pilipinas. 

     3 Pebrero 1888 matapos manatili sa Pilipinas ng halos anim na buwan, umalis si Rizal ng Maynila patungong Hongkong, dala ang P5,000 na kinita niya mula sa kanyang medikal na praktis.