6 Hulyo 1892 si Rizal ang huling nakapanayam ng Gobernador-Heneral. Hinarap siya ng gobernador-heneral dahil sa mga anti-prayle na batas na diumano'y natagpuan sa mga bagahe ng kanyang kapatid na si Lucia. Inutusan siyang ikulong sa Fort Santiago. (July 6-15).
15 Hulyo 1892 si Rizal ay isinakay sa bangkang S. S. Cebu patungong Dapitan. Binigyan siya ng magandang silid, pero mahigpit na binabantayan.
Siya ay nakisangkot sa agrikultura, pangingisda, at negosyo; pinanatili at pinatakbo niya ang isang ospital; nagdaos siya ng mga klase- nagturo sa mga mag-aaral ng Ingles at Espanyol na wika at mga sining.