Mula Dapitan hanggang Fort Santiago nang magsimula ang Rebolusyong Pilipino noong Agosto 26, 1896, hindi nag-aksaya ng oras ang kanyang mga kaaway sa pagpigil sa kanya. Nakapag-rehistro sila ng mga saksi na nag-uugnay sa kanya sa pag-aalsa at hindi siya kailanman pinayagang harapin ang mga ito. Kaya, mula Nobyembre 3, 1986, bago ang petsa ng kanyang pagkamatay, siya ay muling ikinulong sa Fort Santiago.